Przedsiębiorstwo Przemysłu Spożywczego „PEPEES” S.A. jest podmiotem dominującym wobec Zakładów Przemysłu Ziemniaczanego „ZPZ Lublin” Sp. z o.o., Przedsiębiorstwa Przemysłu Ziemniaczanego „Bronisław” S.A., Pepees Inwestycje Sp. z o.o., Gospodarstwo Rolne PONARY Sp. z o.o.

Struktura grupy kapitałowej przedstawia się następująco: