W strukturze PEPEES Łomża funkcjonują trzy laboratoria: fizykochemiczne, mikrobiologiczne, ochrony środowiska. Laboratoria wyposażone są w nowoczesną aparaturę i sprzęt pozwalający na przeprowadzanie badań surowców, materiałów, półproduktów i wyrobów gotowych, a także kontrolowanie jakości wody, środowiska produkcyjnego oraz oddziaływania firmy na środowisko naturalne. Personel zatrudniony w laboratoriach jest odpowiednio wykwalifikowany i niezależny od innych komórek organizacyjnych firmy. Wysoką jakość prowadzonych badań zapewnia realizacja wymagań ujętych w normie ISO 17025:2005 „ Ogólne wymagania dotyczące kompetencji laboratoriów badawczych i wzorcujących”